La flora que crece en las orillas del río Urumea es consecuencia de los numerosos cambios que ha sufrido la zona a lo largo de los años. Las ferrerías, las constructoras navales, algunas enfermedades de plantas o la repoblación de los bosques afectados por el desarrollo de las fábricas de papel tras la Guerra Civil con árboles de rápido crecimiento, son algunas de las causas de los cambios. Todo ello ha tenido una influencia directa en algunas de las especies locales.
La fauna actual es de origen atlántico y centroeuropea. La abundancia de bosques hace que predominen las especies de montaña y de bosque. Asimismo, la calidad del agua del río Urumea es buena debido al buen estado de sus cauces y sus orillas. Esto permite la buen desarrollo de los grupos de vertebrados. Existen varios pequeños afluentes de gran importancia para la reproducción de los anfibios, como los arroyos de Uso, Epele y Urruzuno. Por todo esto, todo el entorno del río Urumea está catalogado como Lugar de Interés Comunitario (LIC).
En el entorno natural de Urumea Arnastu, en la parte alta y media del Urumea, viven animales y plantas de un especial interés, algunas de las cuales se encuentran amenazadas hoy en día. El visón europeo, el topo de agua, la luciérnaga de agua, el invertebrado Elona Quimperiana o plantas que han sobrevivido desde la época paleozoica, como: Veratrum album; Trichomanes speciosum o Soldanella villosa.
Por lo demás, a lo largo del río se pueden encontrar las siguientes especies:
- Anfibios: el sapo común, el sapo partero, el tritón palmeado y la rana común.
- Reptiles: culebra de Esculapio, lagartija roquera, culebra lisa del norte, lagarto verde, víbora, lagartija de turbera, culebra verdiamarilla, culebra de collar.
- Aves: alcaudón dorsirrojo, águila culebrera, cernícalo común, zorzal común, lavandera cascadeña, lavandera blanca, ruiseñor bastardo, arrendajo, trepador azul, agateador común, búho blanco, jilguero, cuco, torcecuello, Martín pescador, aguilucho pálido, picogordo, pito real, pico picapinos, pico menor, petirrojo, chochín, pinzón, cárabo, mirlo de agua, verdecillo, ratonero y mirlo.
- Mamíferos: ratón, zorro, gato montés, tejo, ratón de campo, jabalí, visón, comadreja, turón, ardilla, jineta, marta, garduña, lirón gris, corzo, murciélago, musaraña.
- Peces: trucha, piscardo, anguila, salmón. Los tres primeros abundan, el salmón, en cambio, estaba casi extinguido. Sin embargo, gracias a los trabajos de repoblación llevados a cabo por la Diputación Foral de Gipuzkoa, la mejora del río y las presas de los últimos años, se ha podido activar la recuperación de la especie a un ritmo considerable.